W 1134 Rukn ad-Din Masud I zmienił nazwę miasta na Konya.
W drugiej połowie XII wieku, pod rządami Seldżuków z linii anatolijskiej, Konya zyskała wielkość i bogactwo. Podporządkowała sobie tureckie bejliki na wschodzie, między innymi daniszmendydzkie panując praktycznie w całej wschodniej Anatolii, oraz w kilku portach Morza Śródziemnego oraz Czarnego, przejściowo również na Krymie. Ten złoty okres trwał to pierwszej połowie XIII wieku.
W latach dwudziestych XIII wieku miasto zalała fala uchodźców z Imperium Chorezmijskiego uciekających przed naporem imperium mongolskiego. Sułtan Ala ad-Din Kajkubad I ufortyfikował miasto i wybudował pałac na szczycie cytadeli. W 1228 zaprosił Bahaeddina Veleda i jego syna Rumiego, założyciela Zakonu Wirujących Derwiszy do Konyi.
W 1243, po klęsce Seldżuków pod Köse Dağ, Konya została zajęta przez Mongołów. Miasto nadal formalnie pozostało stolicą sułtanów seldżuckich, w rzeczywistości podlegało dynastii ilchanidzkiej.
Po upadku Sułtanatu Rumijskiego, Konya w 1307 została emiratem. W 1322 miasto zostało zajęte przez Księstwo Karaman.