22 czerwca 1941 hitlerowska Trzecia Rzesza zaatakowała ZSRR i już 29 czerwca miasto ponownie zajęli Niemcy. W dniu ich wkroczenia do Gródka doszło tutaj do pogromu ŻydówMartin Dean, Mel Hecker (red.), Encyclopedia of Camps and Ghettos, 1933–1945, tom II, cz. A, United States Holocaust Memorial Museum and Indiana University Press, Bloomington/Indianapolis 2012, ISBN 978-0-253-00202-0, s. 777.. Niemcy utworzyli getto dla Żydów, zlikwidowali pomnik króla Władysława Jagiełły i zniszczyli synagogę. Na cokole pozostawionym po pomniku króla Jagiełły, za przyzwoleniem niemieckich władz Ukraińcy zbudowali pomnik „Obrońców Ukrainy z 1918”, inicjatorem był ówczesny proniemiecki burmistrz, ksiądz greckokatolicki – Demczuk. W 1941 roku w mieście było ponad 5 tys. Żydów. Większość z nich wywieziono do obozów pracy w Jaktorowie, Winnikach i we Lwowie – Janowskiej lub bezpośrednio do obozu zagłady w Bełżcu.