Jako potencjalnych morderców wymieniano króla Ryszarda III, rycerza Jamesa Tyrrella, Henryka VII Tudora lub jego matkę Małgorzatę Beaufort, Henryka Stafforda księcia Buckingham i księcia Norfolk, ale nikomu nie udowodniono winy.
Według jednego z kronikarzy, osoby bliskiej Ryszardowi III, we wrześniu 1483 roku książęta jeszcze żyli. Natomiast według zeznań sir Jamesa Tyrrella to on z polecenia Ryszarda zabił dzieci. Zeznania nigdy nie zostały podane do wiadomości publicznej, a rycerz nie został ukarany. Henryk VII nakazał kilkakrotnie przeszukać twierdzę Tower, ale nic tam nie znaleziono.
W 1674, podczas renowacji Tower, pod schodami prowadzącymi do kaplicy znaleziono dwa dziecięce szkielety, które uznano za szkielety Edwarda i Ryszarda. Król Karol II kazał je pochować w Westminsterze. W 1933 przeprowadzono specjalistyczne badania, które nie dały jednoznacznej odpowiedzi co do płci i wieku ofiar (jeden ze szkieletów był większy od drugiego i wielu kości brakowało). Królowa Elżbieta II kategorycznie odmówiła zgody na jakiekolwiek dalsze badania nad szkieletami.