W 1793 roku Winiary wraz z całą Wielkopolską znalazły się pod panowaniem pruskim. We wrześniu 1794 roku na Winiarach znajdował się obóz powstańców kościuszkowskich walczących przeciwko wojskom pruskim. Stąd generałowie Jan Henryk Dąbrowski i Antoni Józef Madaliński powędrowali w kierunku Bydgoszczy. W 1796 roku Fryderyk Wilhelm II zdecydował, że Winiary trafią w ręce niemieckie.
Pierwszy zachowany plan Winiar z 1837 roku poprawiony w 1844 pokazuje, że Winiary składały się z dwóch części: folwarku (Winiary Vorwerke) oraz wsi z gospodarstwami chłopskimi (Winiary Dorf): Zutherów, Dzielów, Wiśniewskich oraz trzech gospodarzy o tym samym nazwisku: Sobczak. Nad jeziorem Długim tzn. Winiary znajdował się browar, a na wzniesieniu powyżej jeziora Świętokrzyskiego - wiatrak.
W 1898 roku powierzchnia całkowita Winiar wynosiła 425,7 ha. Większość ziem należała do Niemców. W 1894 zmianę w krajobrazie Winiar spowodowało wybudowanie linii kolejowej z Gniezna do Nakła oraz stacji kolejowej Gniezno Winiary. W 1914 powstało odgałęzienie linii kolejowej do Skoków. Dzieci uczęszczały do Szkoły Podstawowej nr 6.