Budowa obecnego dworca kolejowego została rozpoczęta przez Śląską DOKP w Katowicach i trwała od roku 1989 do 1996, przy czym główny gmach plac przed nim rozpoczęto budować w 1994 roku. Pasaż z poczekalniami nad torami oddano do użytku w 1991 na VI Światowe Dni Młodzieży, a pozostałą część 9 listopada 1996 roku, w 150. rocznicę dotarcia kolei do Częstochowy. Uroczyście otworzył ją ówczesny prezydent Polski Aleksander Kwaśniewski. 24 maja przed dworcem odsłonięto pomnik z popiersiem Władysława Biegańskiego, dzieło Szymona Wypycha.
W lipcu 2019 r. SARP Częstochowa i PKP SA ogłosiły konkurs na koncepcję realizacyjną nowego dworca kolejowego i studialnego opracowania zagospodarowania dla terenów po zachodniej stronie torów, w tym obszaru dworca autobusowego.
Od 2025 roku budynek dworca jest w trakcie rozbiórki.
30 września 2026 udostępniono pasażerom część wschodniego pawilonu nowego dworca (od strony ul.