Pozycja Sonny’ego stawała się mocniejsza również z powodu jego współpracy z Phillipem Rustellim, pełniącym funkcję głowy rodziny (przebywał w tym czasie w więzieniu). Przewodnictwo Rustellego i rosnąca potęga Sonny’ego nie podobała się jednak pozostałym capo w szeregach rodziny co ostatecznie doprowadziło do rozbicia rodziny na dwie przeciwstawne frakcje. Sytuacja ta doprowadziła do użycia siły, w wyniku której zginęli kapitanowie z przeciwnej frakcji: Alphonse "Sonny Red" Indelicato, Phillip Giaccone i Dominick Trinchera. Udział w ich morderstwie brał m.in. Benjamin Ruggiero. Po wygranym konflikcie, wydawało się, że potęga Sonny’ego w łonie rodziny będzie niepodważalna. Był to jednak początek jego końca. Alphonse Indelicato miał bowiem syna, Anthony’ego, któremu udało się wymknąć z Nowego Jorku po morderstwie ojca. Sonny zlecił więc zamordowanie go Donniemu Brasco. Ten fakt zadecydował o zakończeniu operacji FBI w szeregach rodziny Bonanno. Po ujawnieniu się Brasco, posypały się oskarżenia, co w ostateczności doprowadziło do skazania około 100 członków mafii. Mafia uznała, iż Sonny Black jest winnym tej sytuacji.

Śmierć