Inżynier pokładowy rozpoczął rozmowę, z której zapisu wynika, że załoga zaczynała odczuwać brak tlenu na wysokości 7300 m, w wyniku czego pojawiały się odrętwienie, paraliż, brak zdecydowania (mimo odpowiedniego przeszkolenia, żaden z pilotów nie założył maski tlenowej).
Ostatnie minuty lotu Godzina 18:33 W tym momencie, inżynier pokładowy wypowiedział zdanie, które będzie brane pod uwagę przy wyjaśnianiu przyczyn wypadku: „Odpadły drzwi R5". Gdy jednak ekipy przeszukujące miejsce wypadku odnalazły je wciąż zespolone z wrakiem, teoria, że to one wywołały dekompresję, upadła. thumb|upright=1.2|left|Trasa lotu JAL 123
Godzina 18:40 W niekontrolowanym locie samolot zbliżał się do szczytu Fudżi i do amerykańskiej lotniczej bazy Yokota – na dalekich przedmieściach Tokio. Baza amerykańska Yokota przechwyciła krytyczne komunikaty załogi rejsu nr 123, oferując pomoc. Załoga pochłonięta sytuacją nie odpowiadała amerykańskiemu kontrolerowi. Piloci zaczęli sprawdzać, jak można sterować samolotem za pomocą ciągu silników. Odkryli, że kiedy pchają dźwignię mocy do przodu, gdy maszyna opada, dziób się unosi i samolot wychodzi z nurkowania. Natomiast kiedy ciągną dźwignię do tyłu, kiedy maszyna się wznosi, wytraca prędkość i dziób opada, wyrównując chwilowo lot.