Po aklimatyzacji do realiów okupacyjnych przydzielony jako zastępca kierownika referatu łączności radiowej Wydziału Lotnictwa Oddziału III (operacyjnego) Komendy Głównej AK. Od kwietnia 1943 dowódca II rzutu łączności na czas Powstania Warszawskiego. W Powstaniu radiotelegrafista Wydziału Lotnictwa "Bociany" wraz z cichociemnymi: sierż. Władysławem Hauptmanem ps. Gapa oraz radiomechanikiem st. sierż. Edwardem Kowalikiem ps. „Ciupuś”.
Dotąd sądzono, że zginął w walkach z Niemcami podczas powstania warszawskiego przy ul. ChałubińskiegoJędrzej Tucholski w swojej książce Cichociemni, Warszawa 1988, s. 293 podaje, że Ignacy Bator zaginął 3 sierpnia 1944 pomiędzy ul. Świętokrzyską i Polną. Według relacji Cichociemnego Władysława Hauptmana, z którym pracował na radiostacji, 5 sierpnia 1944 o godz. 11 wyszedł z jego bronią z miejsca nadawania radiostacji, udał się do gmachu Lardellego, który wkrótce opanowali Niemcy. Tam prawdopodobnie poległ w walce lub został zamordowany (patrz dokument na tej stronie).