W bitwie pod Grunwaldem brała udział chorągiew z „miasta i komturii Ragnety”, którą dowodził Fryderyk von Zollern, co zawarł Jan Długosz w dziele Banderia Prutenorum. mały|Ragneta w XVII w. Pomiędzy 1466 a 1657 – lenno Królestwa Polskiego. Wokół zamku powstała osada, która w 1722 uzyskała prawa miejskie. Miejscowość była niszczona przez Tatarów (1656), Szwedów (1678), Rosjan (1757) i Francuzów (1807). W 1892 otwarto połączenie kolejowe do Tylży.
Miasto leży na obszarze tzw. Małej Litwy i ze względu na dużą mniejszość litewską zamieszkującą okoliczne tereny było ważnym ośrodkiem kultury litewskiej. Po wydanym po powstaniu styczniowym zakazie używania języka litewskiego w Imperium Rosyjskim, w Ragnecie drukowano książki w języku litewskim, przemycane później na tereny Litwy przez tzw. Knygnešiai (dosłownie „tragarze książek”).
Podczas II wojny światowej w okresie października 1944 do stycznia 1945 Ragneta leżała na linii frontu, który przebiegał wzdłuż Niemna, jednak pomimo tego miasto doznało stosunkowo niewielkich zniszczeń wojennych. 18–19 stycznia 1945 miasto zostało zdobyła 263 Dywizja Strzelecka z 3. Frontu Białoruskiego. Po wojnie miasto włączono do ZSRR.