Bieżąca działalność NCAI koncentruje się wokół: ochrony programów i usług na rzecz tubylczych rodzin, a zwłaszcza starców oraz dzieci i młodzieży promocji i wspierania rozwoju indiańskiej oświaty, w tym wyrównywania szans indiańskiej młodzieży i kształcenia dorosłych wspierania indiańskiej służby zdrowia, w tym programów walki z uzależnieniami, walki z HIV-AIDS i innymi chorobami społecznymi wspierania ochrony środowiska i zarządzania tubylczymi zasobami naturalnymi ochrony indiańskich zasobów kulturowych i wolności religijnej tubylczych Amerykanów promocji rozwoju ekonomicznego tubylczych społeczności w rezerwatach i poza rezerwatami, w tym wspierania programów rozwoju gospodarczego i aktywizacji zawodowej Indian oraz przyciągania prywatnych inwestycji i państwowych funduszy do rezerwatów ochrony praw wszystkich Indian do posiadania godnego, bezpiecznego i taniego domu.
Podobnie jak prezydent USA, prezydent NCAI raz w roku wygłasza ważne Przemówienie o stanie Kraju Indian, określające priorytety organizacji na kolejny rok.