W 1956 rozpoczął działalność w Klubie Inteligencji Katolickiej i Klubie Krzywego Koła. W 1965 był przez cztery miesiące tymczasowo aresztowany bez przeprowadzenia postępowania sądowego. W 1971 skazano go na karę roku pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania po tym, jak przeprowadził dla harcerzy wykład poświęcony wschodnim granicom Polski. Przez kolejne lata organizował inicjatywy na rzecz obchodów rocznic niepodległościowych, jak i organizowania nabożeństw patriotycznych.
Lata 1976–1989 Należał do inicjatorów Listu 14, w którym autorzy sprzeciwiali się represjom stosowanym wobec uczestników wydarzeń z czerwca 1976.
23 września tego samego roku Wojciech Ziembiński znalazł się wśród założycieli Komitetu Obrony Robotników. 25 marca 1977 został jednym z inicjatorów Ruchu Obrony Praw Człowieka i Obywatela. Wchodził w skład rady finansowej tej organizacji.
W drugiej połowie lat 70. redagował pisma „Opinia”, po rozłamie w ROPCiO założył Komitet Porozumienia na rzecz Samostanowienia Narodu, współtworzył związane z nim pismo „Rzeczpospolita”.