Na początku swojego istnienia Zanzibar zasłynął z upraw goździków i handlu niewolnikami z Afryki. Po śmierci sułtana w roku 1856, dwóch z jego synów Majid ibn-Said i Thuwaini ibn-Said toczyło walkę o przejęcie władzy. W rezultacie Zanzibar i Oman stały się oddzielnymi księstwami. Thuwaini został sułtanem Omanu, a Majid został sułtanem Zanzibaru. Podczas 14-letniego panowania Majid skupił się na rozwoju wschodnioafrykańskiego rynku handlu niewolnikami. Jego następca Barghash ibn-Said zaczął ograniczać handel niewolnikami w Zanzibarze i rozwijać infrastrukturę kraju. Trzeci sułtan również poparł rozwój kraju w kierunku zniesienia niewolnictwa. Do 1886 sułtan Zanzibaru kontrolował znaczącą część wschodnioafrykańskiego wybrzeża znanego jako Zanj (arab. زنج, ang. Land of the Blacks lub Land of the Negroes) oraz szlaki handlowe rozciągające się w głąb kontynentu, aż do Kindu nad rzeką Kongo. W tym samym roku Anglicy i Niemcy porozumieli się i w ciągu następnych kilku lat większość kontynentalnych posiadłości sułtanatu została przejęta przez europejskie władze imperialne.