Po raz ostatni w drużynie narodowej wystąpił 11 października 2003 roku w Budapeszcie w meczu z Polską w ramach eliminacji do Euro 2004, przegranym przez Węgrów 1:2. W latach 1998–2003 w reprezentacji zagrał w 25 meczach, zdobywając 7 goli. W 2001 roku został uznany za najlepszego węgierskiego piłkarza.
Okoliczności śmierci thumb|left|130px|Pomnik ku pamięci Miklósa Fehéra na Estádio da Luz 25 stycznia 2004 SL Benfica grała wyjazdowy mecz ligowy z Vitória SC. Mecz był transmitowany na żywo w telewizji. Fehér pojawił się na boisku w drugiej połowie i w doliczonym czasie gry asystował przy bramce Fernando Aguiara na 1:0. Po otrzymaniu żółtej kartki za przedłużanie wznowienia gry, Fehér pochylił się do przodu, a po chwili bezwładnie upadł na plecy. Na pomoc piłkarzowi momentalnie ruszyli pozostali piłkarze Benfiki, Tomo Šokota przechylił Fehéra na lewy bok starając się zapobiec połknięciu przez niego języka. Po chwili na boisku zjawili się klubowi lekarze, którzy szybko zorientowali się, iż piłkarz cierpi z powodu zatrzymania akcji serca i przystąpili do reanimacji. Zgromadzeni wokół Fehéra koledzy, zdając sobie sprawę z powagi sytuacji, zaczęli łapać się za głowy. Kilku z nich płakało. Po kilku minutach na boisku pojawił się ambulans, który zabrał Fehéra do szpitala.