Film rozpoczyna się in medias res z Julią i Huntem i Davianem, który grozi Huntowi, że zabije Julię. Po tym akcja przenosi się pięć dni w tył. Podczas przyjęcia z okazji zaręczyn Ethana i Julii, Hunt jest wezwany przez dyrektora operacyjnego IMF Musgrave’a (Billy Crudup) na misję. Początkowo odmawia, lecz po obejrzeniu widea ukrytego w aparacie dowiaduje się, że chodzi o uwolnienie jego znajomej, agentki IMF Lindsey Farris (Keri Russell), która została porwana w Berlinie przez handlarza bronią Owena Daviana (Philip Seymour Hoffman). Zgadza się na dołączenie do misji i spotyka członków zebranego zespołu, Declan (Jonathan Rhys Meyers), Luther Strickell (Ving Rhames) i Zhen (Maggie Q). Zespołowi udaje się odbić Lindsey, lecz ona umiera 4 minuty później, gdy ładunek z nitrogliceryną, umieszczony w jej głowie przez Daviana, wybucha. Na pogrzebie Lindsey, Hunt otrzymuje wiadomość od pracownika poczty, że Lindsey wysłała mu paczkę z Berlina. Hunt odbiera list i odbiera mikrofilm ukryty pod znaczkiem.