Tymczasem Sevilla na stałe zadomowiła się na najwyższym szczeblu pucharowych rozgrywek. Na początku kolejnego sezonu po zwycięstwie 3:0 nad FC Barceloną wywalczyła Superpuchar Europy, a niemal rok później – jako trzecia drużyna w historii – po raz drugi z rzędu awansowała do finału Pucharu UEFA, w którym po emocjonującym (2:2, k. 3:1) spotkaniu pokonała Espanyol Barcelona.
W październiku 2007 roku, mimo dobrych wyników Sevilli w lidze i w Lidze Mistrzów, Ramos niespodziewanie złożył dymisję. Kilka dni wcześniej z funkcji menedżera Tottenhamu Hotspur zwolniony został Martin Jol. Wielu dziennikarzy wiązało odejście Hiszpana z Sevilli wcześniejszym podpisaniem umowy ze SpursamiJuande Ramos za Jola?. I rzeczywiście, 29 października nowym szkoleniowcem Tottenhamu został Juande Ramos. Jednak rok później po słabych wynikach prowadzonej przez niego drużyny, został zwolniony ze stanowiska. Zastąpił go Harry Redknapp.
9 grudnia 2008 rozpoczął pracę z Realem Madryt, który plasował się na piątym miejscu w Primera Divison. Spędził tam tylko pół roku – prowadzony przez niego zespół zakończył sezon na drugim miejscu, Ramos przegrał wyścig zarówno o mistrzostwo, jak i Puchar Hiszpanii z FC Barcelona, a z rozgrywek Ligi Mistrzów odpadł już w 1/8 finału.