Po kapitulacji twierdzy dostał się do niewoli niemieckiej, zwolniony ze względu na zły stan zdrowia, zmarł 25 listopada 1939 wskutek nieuleczalnej choroby. Według większości źródeł krajowych zmarł w następstwie ran odniesionych w czasie walk lub też w czasie samych walkMieczysław Bielski w swojej monografii poświęconej GO „Piotrków”, w nocie biograficznej płk dypl. Teodora Furgalskiego, podał, że poległ on w dniu 25 września 1939 r. Także Andrzej Krzysztof Kunert, autor przypisów do „Wspomnień i notatek autobiograficznych” Stefana Roweckiego podał, że płk Teodor Furgalski „poległ na polu bitwy”. Tenże sam autor publikując na łamach „Polski Zbrojnej” artykuł zatytułowany „Apel żałobny dowódców Września” podał, że pułkownik zmarł 25 listopada 1939 r. w szpitalu w Tworkach w następstwie odniesionych ran. W żadnym z podanych źródeł nie podano daty i okoliczności, w jakich Teodor Furgalski miał być ranny.. 16 lutego 1948 ekshumowany i pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie, do kwatery legionowej I-4 (5A-tuje-4).
Opinie Piotr Stawecki na łamach „Polska Zbrojna” przytoczył opinię szkolną i służbową płk. dypl. Teodora Furgalskiego pochodzące z albumów absolwentów WSWoj. przechowywanych w Centralnym Archiwum Wojskowym.