Autor kilku tysięcy artykułów, esejów politycznych, książek (zwłaszcza o pułkowniku Ryszardzie Kuklińskim i Józefie Piłsudskim), audycji radiowych i scenariuszy filmów dokumentalnych. Ostatnią jego publikacją jest książka-album „Grunwald. Pole chwały” wydana w lipcu 2010.
Był związany z piosenkarką Haliną Frąckowiak, z którą miał syna Filipa Frąckowiaka. Syn został następcą Józefa Szaniawskiego na stanowisku dyrektora Izby Pamięci Pułkownika Kuklińskiego.
4 września 2012 zmarł tragicznie w Tatrach w wyniku upadku do Dolinki pod Kołem, schodząc po zdobyciu szczytu Świnicy w kierunku ZawratuJózef Szaniawski nie żyje.. 15 września 2012 w bazylice archikatedralnej św. Jana Chrzciciela w Warszawie odbył się jego pogrzeb. Został pochowany w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A29-tuje-26)Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze.
Upamiętnienie 11 grudnia 2012 jego syn, Filip Frąckowiak, powołał Fundację Józefa Szaniawskiego, której głównym celem jest kontynuacja prac Józefa Szaniawskiego, w tym rozwój muzeum przez niego stworzonego.
W listopadzie 2013 ukazała się biografia Józefa Szaniawskiego autorstwa Filipa Frąckowiaka pt. Józef Szaniawski. Ostatni więzień polityczny PRL.