Ważnym zdarzeniem w historii miasta był wybuch reformacji w I połowie XVI w., która nie odniosła tu jednak spodziewanego sukcesu. Pomimo tego, że i tu idee reformatorskie i humanistyczne miały pewien oddźwięk, ogromna większość ludności pozostała przy dawnej konfesji. W 1582 r. powstało tu słynne kolegium św. Michała (Collège Saint-Michel; Kollegium St. Michael), założone przy poparciu miasta przez jezuitów i kierowane przez Piotra Kanizjusza. Głęboka restauracja katolicyzmu, zainicjowana przez Kanizjusza, potwierdziła atrakcyjność tego wyznania. W 1613 r. przeniesiono z Lozanny do Fryburga siedzibę biskupstwa Lozanny, Genewy i Fryburga. Do kilku domów zakonnych, funkcjonujących w mieście nad Sarine już od średniowiecza, w XVII w. dołączały następne. Obok La Maigrauge – klasztoru cystersów, wybudowanego w XIII w. w zakolu Sarine, powstały tu klasztory franciszkanów, kapucynów (1608) i kapucynek (Montorge w zakolu Sarine;