W 1970, razem z żoną, otworzył w Warszawie własną scenę, Teatr Ochoty – Ośrodek Kultury Teatralnej, a wkrótce potem ognisko teatralne dla dzieci i młodzieży. Machulski szefował Teatrowi Ochoty do 1996. Scena miała być miejscem edukacji młodych ludzi sztuki i miejscem spotkania twórców z publicznością. Od 1975 Teatr Ochoty występował latem w Zamościu grając sztuki szekspirowskie. Te występy stały się zalążkiem dorocznego Zamojskiego Lata Teatralnego.
Działalność pedagogiczna stała się wkrótce ważnym zajęciem Jana Machulskiego. W 1974 rozpoczął pracę w Państwowej Wyższej Szkole Filmowej, Telewizyjnej i Teatralnej w Łodzi. W latach 1981–1983 oraz 1991–1996 był dziekanem wydziału aktorskiego tej uczelni. W 1999, wraz z żoną, otworzył prywatną Szkołę Aktorską im. Haliny i Jana Machulskich, działającą przy ASSITEJ – Międzynarodowym Stowarzyszeniu Teatrów dla Dzieci i Młodzieży. Szkoła proponuje alternatywny program kształcenia aktorów zawodowych.
Występował na scenach wielu teatrów: w latach 1954–1955 Teatr Jaracza w Olsztynie, Teatr Ziemi Opolskiej w Opolu (1955–1957), Teatr im. Juliusza Osterwy w Lublinie (1957-1963), Teatr Nowy w Łodzi (1963–1966), teatrów Polskiego oraz Narodowego w Warszawie (1966–1970).