W 1534 Królowa Bona za zezwoleniem Sejmu wykupiła wójtostwo Leżajska.
Leżajsk położony był na przełomie XVI i XVII wieku w powiecie przemyskim ziemi przemyskiej województwa ruskiegoAtlas historyczny Rzeczypospolitej Polskiej wydany z zasiłkiem Akademii Umiejętności w Krakowie, [T. 1], Epoka przełomu z wieku XVI-ego na XVII-sty. Dział II-gi. „Ziemie Ruskie” Rzeczypospolitej, Dział opracowany przez Aleksandra Jabłonowskiego [...], k. 4., w drugiej połowie XVII wieku należał do starostwa leżajskiegoLustracja województwa ruskiego 1661–1665. Cz. 1, Ziemia Przemyska i Sanocka, wydali Kazimierz Arłamowski i Wanda Kaput, Wrocław-Warszawa-Kraków 1970, s. 207..
W 1592 r. na terenie boru leżajskiego powstała drewniana kaplica pw. św. Anny. W 1594 r. z ofiarności mieszczan i nawróconego z luteranizmu dzierżawcy leżajskiego Kacpra Głuchowskiego, przy poparciu przełożonego bożogrobców ks. Jana Teologa oraz szlachcica Rzeszotarskiego, wzniesiono drewniany kościół Zwiastowania NMP oraz świętych Jana Chrzciciela, Wawrzyńca, Sebastiana i Małgorzaty. W 1608 r. przybyli do Leżajska bernardyni, sprowadzeni z Przeworska za przyczyną biskupa przemyskiego Macieja Pstrokońskiego. W 1610 r. wybudowany został pierwszy murowany kościół.