Tym występem przekonał do siebie trenerów i, mimo powrotu do zdrowia pozostałych bramkarzy, utrzymał swoją pozycję w zespole do końca rozgrywek pomagając mu zdobyć pierwszy w historii tytuł mistrza.
Występy młodego bramkarza nie umknęły uwadze szefom słynnego São Paulo FC, którzy we wrześniu 1990 zaprosili go na testy. Szkoleniowcy klubu od razu zauważyli, że Rogério wyraźnie przewyższa umiejętnościami swoich rówieśników i w ten sposób trafił on do juniorskiej drużyny wielokrotnego mistrza Brazylii.
São Paulo FC Od 1990 r. grał w klubie São Paulo FC, z którym dwukrotnie wygrał Copa Libertadores i dwukrotnie mistrzostwo klubowych mistrzostw świata. W klubie strzelił 131 goli. Setną bramkę zdobył w meczu z Corinthians São Paulo w rozgrywkach brazylijskiej ekstraklasy mistrzostw stanowych, strzałem z rzutu wolnego. W 2007 roku, po raz drugi z rzędu, zdobył nagrodę dla najlepszego piłkarza Brasileirao, przyznawaną przez Brazylijską Konfederację Piłkarską. W 2015 roku stał się pierwszym w historii ligi brazylijskiej piłkarzem, który zdobył 60 bramek z rzutów wolnych. Rogerio Ceni pobił również wiele innych rekordów, np.: najwięcej goli jako bramkarz, najdłuższy staż w jednym klubie, czy najdłuższy okres z opaską kapitana na ramieniu.