W 1991 ponownie zastąpił w pracy trenerskiej Benjaminasa Zelkevičiusa, tym razem przejmując od niego stanowisko selekcjonera reprezentacji Litwy. Mimo zwycięstw nad Słowenią i Ukrainą, drużyna nie awansowała do mistrzostw świata 1994. Liubinskas został zwolniony na początku 1995.
W tym samym roku znalazł zatrudnienie w klubie Kareda Szawle, z którym w 1996 zdobył Puchar i Superpuchar Litwy, a w 1997 mistrzostwo kraju. Później pracował w Panerysie Wilno oraz w trzecioligowej wówczas Jagiellonii Białystok.
Po powrocie do kraju objął w 1999 stanowisko szefa wydziału kultury fizycznej w wileńskim samorządzie. W 2002 powrócił do pracy szkoleniowej, obejmując funkcję trenera olimpijskiej reprezentacji Litwy. Rok później po raz kolejny zastąpił Benjaminasa Zelkevičiusa na stanowisku selekcjonera kadry. Bez sukcesów prowadził ją w eliminacjach mistrzostwa świata w 2006 oraz Euro 2008. 1 sierpnia 2008 podał się do dymisji. W grudniu 2009 objął stanowisko głównego trenera FK LwówUA-Футбол. Альґімантас Любінскас офіційно представлений футболістам "Львова". 19 kwietnia 2010 podał się do dymisji po porażce z FK OłeksandrijaUA-Футбол.