Okres powojenny Po zakończeniu wojny powrócił do Warszawy. 7 maja 1946 został mianowany przez papieża Piusa XII biskupem pomocniczym archidiecezji warszawskiej i biskupem tytularnym Panopolis (nie zrezygnował jednak z probostwa parafii św. Aleksandra), jego konsekracja nastąpiła 29 czerwca 1946. W lipcu 1946 został mianowany sekretarzem Konferencji Episkopatu Polski, nominację tę zatwierdzono na zebraniu plenarnym Episkopatu we wrześniu 1946. W kwietniu 1948 otrzymał honorową godność archidiakona Kapituły Metropolitarnej Warszawskiej. Po śmierci Augusta Hlonda zarządzał tymczasowo archidiecezją warszawską jako wikariusz kapitulny (od 27 października 1948 do 7 lutego 1949).
Jako sekretarz KEP odpowiadał za kontakty z rządem PRL. Rozmowy te podjął już we wrześniu 1946, jego głównym rozmówcą był początkowo ówczesny wiceminister administracji publicznej Władysław Wolski. W sierpniu 1949 został członkiem Komisji Mieszanej przedstawicieli Rządu i Episkopatu. Był głównym negocjatorem Porozumienia Państwo-Kościół z 14 kwietnia 1950. W kolejnych latach pozostawał w stałych kontaktach z władzami PRL, które reprezentował Antoni Bida.
Jako proboszcz parafii św. Aleksandra przystąpił w 1949 do odbudowy zniszczonej w czasie wojny świątyni parafialnej. Jej konsekracja odbyła się w 1952.