Od 23 lutego 1789 sprawował urząd prezydenta Warszawy.
27 listopada 1789 w Warszawie zorganizował spotkanie przedstawicieli 141 miast królewskich Rzeczypospolitej, którzy podpisali memoriał do króla, domagający się przyznania praw publicznych mieszczaństwu. 2 grudnia 1789 na czele czarnej procesji delegatów miejskich wręczył to pismo monarsze. Sejm wyznaczył 18 grudnia specjalną deputację do miast królewskich, do której wszedł Dekert jako przedstawiciel miejski. Za te działania Jan Dekert znalazł się na słynnym obrazie Jana Matejki „Konstytucja 3 Maja 1791” (stoi z lewej strony obrazu ubrany w czarny kaftan i białą perukę).
20 lutego 1790 zrzekł się urzędu, jednak 22 lutego tego roku wybrano go ponownie na prezydenta stolicy. Uzyskał wówczas „obwołanie” marszałkowskie, nakazujące rugi Żydów z Warszawy. Ci jednak wypędzeni, po miesiącu wrócili do miasta. 16 maja 1790 mieszczaństwo urządziło im pogrom.
Na skutek długoletniej działalności politycznej jego osobisty majątek w wyniku licznych zaniedbań popadł w ruinę. Dekert nie doczekał się przyznania rozszerzonych praw miejskich, co nastąpiło 18 kwietnia 1791.
Został pochowany w katedrze św.