Ich muzyka to połączenie pracy producenta Tamio Okudy, amerykańskiego pisarza piosenek i śpiewaka Andy’ego Strumera z grupy Jellyfish (który nazywany jest „ojcem chrzestnym” Puffy, ponieważ wymyślił tę nazwę) oraz samych Ami i Yumi. Wokal Ami i Yumi jest podobny do wokalu sióstr z amerykańskiej grupy The Roches. Zwykle dziewczyny razem śpiewają lub grają na harmonijkach. Puffy AmiYumi zwykle zalicza się do gatunku j-pop lub j-rock (uszczegóławiając ich muzykę można zaklasyfikować jako Shibuya-kei). Same Ami i Yumi przyznały, że ich muzykę trudno jest zaklasyfikować do jednego gatunku.
Po 2000 roku zespół tracił na znaczeniu w Japonii, czego zwieńczeniem było zaprzestanie nadawania ich talk-show. Wtedy dziewczyny nastawiły się na rynek amerykański, wydając swoje płyty w Ameryce. Dwie piosenki zostały stworzone do serii Młodych Tytanów i SD Gundam Force. Stworzyły również cover hitu Cyndi Lauper Girls Just Wanna Have Fun.