Trafalgar 16 maja 1803 roku flagę na okręcie, jednak tylko na tydzień, podniósł admirał Horatio Nelson i pod dowództwem komandora Suttona, okręt patrolował morze w okolicach wyspy Toro. Kilka dni później, 28 maja „Victory” przechwycił francuską fregatę „Embuscade” uzbrojoną w 32-funtowe działa. 30 czerwca 1803 roku dowództwo okrętu objął komandor Thomas Masterman Hardy. 4 kwietnia 1805 roku nadeszła wieść o ucieczce z Tulonu floty francuskiej pod dowództwem admirała Villeneuve i połączeniu z flotą hiszpańską w Kadyksie. W sierpniu 1805 roku okręt dołączył do głównych sił floty pod Kadyksem, gdzie stała zablokowana flota francusko-hiszpańska. Był to wstęp do bitwy pod Trafalgarem, w której zginął Nelson i 56 marynarzy okrętu a 102 zostało rannych, jednak odniesiono wspaniałe zwycięstwo, czego okręt flagowy stał się symbolem.
Dalsza służba Po bitwie okręt zawiózł do Anglii ciało poległego admirała Nelsona, który został pochowany w katedrze św.