W wyniku III rozbioru Polski obszar prawie całej diecezji krakowskiej trafił pod zabór austriacki. Wymusiło to zmiany organizacyjne Kościoła na tym terenie. W 1801 roku, kilka miesięcy po śmierci bp Floriana Janowskiego, Gubernium Lwowskie przesłało do Wiednia projekt zmian, które zostały zatwierdzone dekretem kancelarii nadwornej z dnia 12 sierpnia 1802. Dekret zapowiadał zniesienie diecezji tarnowskiej i utworzenie nowej diecezji siedzibą w Kielcach. Kanoniczne usankcjonowanie tych zmian nastąpiło na mocy bulii Indefessum personarum regia dignitate fulgentium Piusa VII, z dnia 13 czerwca 1805. Kolejna bulla Operosa atque indefessa, z dnia 24 września 1805, podzieliła terytorium diecezji tarnowskiej między dwa biskupstwa: krakowskie i przemyskie. Dekretem z 30 września 1807 arcybiskup metropolita lwowski Kajetan Ignacy Kicki ogłosił erygowanie diecezji kieleckiej i formalnie diecezja tarnowska przestała istnieć, chociaż kandydat na biskupa kieleckiego Józef Kleofas Wojciech Górski, mimo ponagleń władz, zwlekał do końca roku z opuszczeniem Tarnowa.