6 czerwca 1999 w ramach VII pielgrzymki do Polski, miasto odwiedził Jan Paweł II, który na lotnisku odprawił nabożeństwo czerwcowe. 1 października 1999 nastąpiła afiliacja seminarium elbląskiego do Wydziału Teologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie.
25 marca 2002 erygowano Kapitułę Kolegiacko Żuławską w Nowym Stawie przez biskupa Andrzeja Śliwińskiego.
2 sierpnia 2003 biskup Andrzej Śliwiński został odwołany ze stanowiska biskupa diecezjalnego elbląskiego i ustanowiono dotychczasowego biskupa pomocniczego diecezji tarnowskiej biskupa Jana Styrny nowym biskupem elbląskim. 23 sierpnia 2009 odbył się ingres biskupa Jana Styrny do katedry w Elblągu.
9 września 2009 w Wojewódzkim Szpitalu Zespolonym w Elblągu zmarł pierwszy biskup elbląski Andrzej Śliwiński. 14 września 2009 – w katedrze diecezjalnej odbył się pogrzeb pierwszego biskupa diecezji elbląskiej Andrzeja Śliwińskiego. Po eucharystii, której przewodniczył arcybiskup metropolita gnieźnieński Henryk Muszyński, trumnę z ciałem złożono w krypcie biskupów pod katedrą elbląską.