Do załogi dołącza nowy nawigator, pochodząca z planety Delta porucznik Ilia, którą w przeszłości łączył związek z komandorem Deckerem oraz, na specjalne życzenie kapitana Kirka, doktor McCoy. Nieoczekiwanie pojawia się także Spock; tłumaczy on, że przebywając na Wolkanie wyczuł zbliżanie się istoty obdarzonej niezwykłymi mocami umysłu i pragnie ją zbadać. Kirk przywraca go na stanowisko oficera naukowego.
Mgławica przemieszczając się w stronę Ziemi niszczy stację Epsilon IX, a następnie atakuje zbliżający się „Enterprise”; wysłane ku niej sygnały pozostają bez odpowiedzi. W ostatniej chwili Spockowi udaje się nadać pozdrowienia na właściwej częstotliwości, co ratuje statek od zagłady. Załoga kontynuuje misję i odkrywa, że obłok jest złożony z pól siłowych o ogromnej mocy, w centrum których znajduje się olbrzymi obiekt. Wysłana z niego wiązka energii próbuje przejąć kontrolę nad komputerem „Enterprise”, a potem uprowadza deltańską nawigator, porucznik Ilię. „Enterprise” zostaje wciągnięty do wnętrza gigantycznego statku i uwięziony w jednej z jego części, a na pokładzie pojawia się doskonała, mechaniczna kopia Ilii, która pełni rolę sondy oraz kanału komunikacyjnego. Dzięki niej Kirk i jego przyjaciele dowiadują się, że mają do czynienia z istota zwaną V’Ger, która zmierza ku Ziemi w poszukiwaniu „stwórcy”.