W prezbiterium późnogotycki tryptyk pochodzący z lokalnego warsztatu, wykonany około 1520, a gruntownie odrestaurowany po uszkodzeniach z czasów ostatniej wojny. Jego fundatorem był najprawdopodobniej komandor Stanisław Dłuski. Przedstawia on Sacra Conversazione pomiędzy Maryją Panną a Janem Chrzcicielem i św. Stanisława biskupa. Po zamknięciu skrzydeł widoczne męczeństwo św. Stanisława, wskrzeszenie Piotrowina oraz ścięcie Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelistę na Patmos.
Kolejny ołtarz znajduje się w nawie bocznej. Jego centrum zajmuje wielokrotnie przemalowywany obraz opłakiwania Chrystusa.
W Kaplicy Świętego Krzyża znajduje się barokowy ołtarz z 1737 roku. W jego centrum krucyfiks z połowy XVII wieku znajdujący się niegdyś przy drodze na Śródkę, a uważany za cudowny. Zazwyczaj zasłania go obraz Serca Jezusowego. Po bokach znajdują się figury Jana Chrzciciela i św. Stanisława biskupa. Nad obrazem Duch Święty i Oko Opatrzności, a w zwieńczeniu Archanioł Michał. Pod kaplicą krypta w której spoczywają komandorzy: Michał Stanisław Dąbrowski (zm. 1740) i Andrzej Marcin Miaskowski (zm. 1832).