Po przejęciu władzy przez sanację, przestał faktycznie pracować w MSZ, gdyż odesłano go na bezterminowy urlop. W tych okolicznościach udał się do swojego majątku w Jurkowie. Powrócił do czynnej polityki za rządu czwartego gabinetu Kazimierza Bartla, kiedy tekę polskiej dyplomacji dzierżył August Zaleski. 31 marca 1929 r. powołano Morawskiego na funkcję członka Górnośląskiej Komisji Mieszanej. Dalsza kariera w MSZ zakończyła po przejęciu władzy nad tym resortem przez Józefa Becka, który 1.06. 1934 r. przeniósł go w stan spoczynku, a sześć miesięcy później na emeryturę, obniżając mu stopień służbowy.
Po zakończeniu pracy w MSZ Morawski zaangażował się lokalnie. W 1934 r. został jednomyślnie wybrany na prezesa Wielkopolskiej Izby Rolniczej. Jednak w ciągu następnych dwóch lat awansował na szczebel ogólnopolski. Najpierw wybrano go jako prezesa Związku Izb i Organizacji Rolniczych RP (od grudnia 1935 r.), a potem do Rady Banku Polskiego jako reprezentanta rolnictwa (od lutego 1936 r.). Z obu tych ostatnich stanowisk musiał zrezygnować w lutym 1937 r., gdyż od listopada 1936 r. otrzymał nominację na wiceministra skarbu u ministra tego resortu i wicepremiera gospodarczego Eugeniusza Kwiatkowskiego.