24 listopada 1460 papież Pius II wbrew woli króla Kazimierza Jagiellończyka mianował Jakuba z Sienna biskupem krakowskim, a kapituła krakowska wybrała na to stanowisko Jana Lutkowicza. Kandydatem króla był natomiast Jan GruszczyńskiJanusz Tazbir, Historia Kościoła katolickiego w Polsce 1460-1795. Warszawa 1966, s. 17. Nowy biskup przyjął sakrę 31 maja 1461 na zamku w Pińczowie. Konflikt z królem narastał w związku z czym papież Pius II bullą z 2 czerwca 1461 obłożył klątwą wszystkich uniemożliwiających objęcie biskupstwa (w tym i króla) przez Jakuba z Sienna, w odpowiedzi na to król skazał na wygnanie Jakuba i sufragana krakowskiego który udzielił mu sakry biskupiej. Interweniował w tej sprawie jeszcze legat papieski, ale ostatecznie papież 16 stycznia 1462 roku cofnął nominację Jakubowi z Sienna, na co wpływ miało też poparcie króla jakie otrzymał od prymasa i biskupówJanusz Tazbir, Historia Kościoła katolickiego w Polsce 1460–1795. Warszawa 1966, s. 18. W styczniu 1463 na sejmie w Piotrkowie Trybunalskim Jakub ukorzył się przed królem i zrzekł się biskupstwa krakowskiego. Od papieża Piusa II Jakub otrzymał wysokie odszkodowanie, a z woli króla w marcu 1465 otrzymał biskupstwo włocławskie.