Przez miasto przebiegają drogi krajowe: nr 15: Trzebnica – Krotoszyn – Września – Gniezno – Toruń – Ostróda (obwodnica) nr 92: Nowy Tomyśl – Poznań – Września – Słupca – Konin – Łowicz (obwodnica) oraz drogi wojewódzkie: nr 432: Września – Środa Wielkopolska – Śrem – Leszno nr 442: Września – Pyzdry – Gizałki – Kalisz
Przez miasto przebiega również linia kolejowa nr 281: Oleśnica – Chojnice, a w odległości ok. 1,5 km na północ od stacji przebiega linia kolejowa nr 3 Warszawa Zachodnia – Poznań Główny – Kunowice. Połączenie z tą linią zapewnia łącznica kolejowa nr 807 i 808.
Komunikację autobusową w mieście i powiecie zapewniał lokalny oddział PKS Gniezno. Można spotkać tu także autobusy PKS Poznań, PKS Łódź, PKS Turek, PKS Włocławek, PKS Konin i inne.
Września posiada bezpośrednie połączenia autobusowe z Poznaniem, Gnieznem, Krakowem, Łodzią, Koninem, Turkiem, Włocławkiem, Szczecinem, Kielcami, Kaliszem i inne. Najważniejsze kierunki lokalne to Słupca, Miłosław, Pyzdry, Orzechowo, Witkowo, Czerniejewo i Środa Wielkopolska.