Za początek powstania uznaje się 14 czerwca, kiedy grupka chłopów dowodzonych przez Kostkę-Napierskiego i Stanisława Łętowskiego zajęła warowny zamek w Czorsztynie, w którym znajdował się zaledwie jeden hajduk i arendarz dóbr, Żyd Salomon Włochowicz. Po zajęciu Czorsztyna Kostka-Napierski zaczął wysyłać agitatorów i rozsyłać swój uniwersał do chłopów polskich (nie zachował się). Zamek próbował odzyskać już 18 czerwca oddział 60 piechurów i 25 dragonów dowodzonych przez starostę dobczyckiego Michała Jordana. Wojska szlacheckie – w obawie przed okrążeniem i z powodu odcięcia dróg zaopatrzenia przez chłopską dywersję – musiały jednak odstąpić od oblężenia zamku.
Kolejną próbę odbicia twierdzy podjęła 22 czerwca grupa około tysiąca piechoty i dragonów, w większości wojsk biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego i tamtejszej szlachty. Oddziałem dowodził pułkownik Wilhelm Jarocki. Szacuje się, iż Kostka-Napierski posiadał do swej dyspozycji jedynie dwudziestu kilku chłopów. Na mocy układów 24 czerwca Czorsztyn został poddany, Kostka-Napierski i Łętowski zostali pojmani, a załoga została puszczona wolno. Zamek został zrabowany przez dragonów. Po pewnym czasie pojmano trzeciego dowódcę powstania – nauczyciela Marcina Radockiego. Przywódców doprowadzono do Krakowa i po krótkim procesie skazano.