Dotychczas uważano, że najdawniejszy szkielet został wykopany w Minatogawa, w jaskini w południowej części wyspy Okinawa. Według oceny badaczy, liczy on około 17 tysięcy lat. Jednakże w 2017 roku Okinawa Buried Cultural Property Investigation CenterBuried Cultural Properties → dobra kultury (artefakty) znajdujące się pod ziemią (znane jako stanowiska archeologiczne). W Japonii jest około 460 tys. takich miejsc. Każdego roku wykonuje się około 9 tys. wykopalisk. Organem rządowym nadzorującym prace archeologiczne jest Bunka-chō (Agency for Cultural Affairs). poinformowało, że znaleziono ludzkie kości z epoki górnego paleolitu w jaskini Shiraho Saonetabaru na wyspie Ishigaki. Archeolodzy stwierdzili, że odkryto szczątki 19 szkieletów. Potwierdzono, że jeden z nich ma około 27 000 lat, co czyni go najstarszym szczątkiem ludzkim odkrytym w Japonii.
Okres Jōmon (13000 r. p.n.e. – 400 r. p.n.e.)
Około 13 tysięcy lat p.n.e. pojawiły się pierwsze naczynia ceramiczne. Ich odkrycie wyznacza początek okresu Jōmon, czyli kultury wzoru sznurowego. W okresie Jōmon od 5000 lat p.n.e. upowszechnił się osiadły tryb życia. Grupy rozrastały się tworząc społeczności plemienne. Na zachodzie kraju była prowadzona prymitywna gospodarka. Na polach oraz bagnach uprawiano pachnotkę zwyczajną i chwastnicę jednostronną.