Mary uczęszczała do szkoły dla panien, a w 1811 została wysłana do szkoły Miss Caroline Petman w Ramsgate. Jednak najważniejsze wykształcenie zdobyła w domu. William Godwin ustanowił wysoki standard intelektualny dla domowników, pobudzając predyspozycje i wyobraźnię dzieci oraz budząc w Mary Godwin wiarę we własną moc i odpowiedzialność za dokonywanie zmian jako działacz w społeczeństwie. Mary osiągnęła solidne podstawy w historii, mitologii, literaturze i Biblii; pobierała też lekcje sztuki i francuskiego. Mary Godwin przejęła po ojcu codzienną dyscyplinę spędzania każdego ranka na pisaniu i studiowaniu. Biegle władała językiem włoskim i francuskim, uczyła się także łaciny i greki oraz trochę hiszpańskiego. Grono przyjaciół i znajomych rodziny stanowili pisarze, naukowcy i reformatorzy polityczni. W domu Godwinów często pojawiali się ludzie pragnący zobaczyć córkę Mary i Williama. „Jako dziecko dwóch gigantów intelektualnych była przecież skazana na sławę” – pisze Charlotte Gordon – „Przyzwyczaiła się do tego, że kiedy wchodzi do pokoju, wszyscy milkną, głośno wciągając powietrze, jakby była kimś ważnym. Pokazywali sobie jej rude włosy, duże, jasne oczy. Wykapana matka, mówili”. Według relacji, Shelley była wyjątkowo inteligentna, oczytana, interesowała się aktualnymi osiągnięciami nauki, m.in.