Perec został przewodniczącym Histadrutu w grudniu 1995, gdy Ramon wszedł w skład rządu po zabójstwie Rabina. We wczesnych latach swego przywództwa był postrzegany jako osoba „w gorącej wodzie kąpana”, chętnie używająca groźby strajku generalnego w rozmowach z pracodawcami. Czasami do ogłoszenia strajku generalnego wystarczyła mu jedna nieopatrzna wypowiedź, jak to było z ministrem finansów Ja’akowem Ne’emanem w 1996 roku. W późniejszych latach Perec stał się dużo bardziej zrównoważonym przywódcą, np. w czasie gdy ministrem finansów był Binjamin Netanjahu, współpraca pomiędzy nim a Perecem układała się całkiem dobrze. Dzięki niej doszło do reform, które „pchnęły” Izrael w kierunku bardziej liberalnej ekonomiki gospodarczej. W tym czasie Perec zasłynął m.in. powiedzeniem iż najbardziej skuteczny strajk to taki, który nigdy nie nastąpi.