Za podsycanie Aleksandryjczyków do walki Cezar nakazał zabić przebywającego w pałacu Potejnosa. Następnego dnia z pałacu zbiegła księżniczka Arsinoe i jej doradca Ganimedes. Wywołało to wielką radość mieszkańców miasta. Arsinoe została obwołana królową, a Ganimedes, który skazał na śmierć Achillasa, nowym dowódcą armii. Natychmiast po przejęciu wojska Ganimedes popisał się trafną decyzją i nakazał odciąć Cezarowi wodę. Jednak do portu przybył legion wysłany przez Domicjusza. Zaczęto prowadzić walki na morzu. Poważnym problemem dla rzymskiej floty była jednak kontrolowana przez Egipcjan wyspa Faros. Cezar postanowił ją zdobyć. Nieudany szturm, w czasie którego zginęło wielu Rzymian, postawił wojska Cezara przed widmem klęski.
Jednak rzymskiemu wodzowi sprzyjało szczęście, gdyż w obozie Ganimedesa zaczęły się konflikty o władzę nad armią. Cezar wypuścił na wolność Ptolemeusza XIII, co zakończyło rządy Ganimedesa. Po paru miesiącach od wezwania, do Egiptu przybyli wreszcie Mitrydates i Antypater. Połączone wojska z Pergamonu i Judei pokonały Egipcjan w bitwie pod Castra Iudaeorum.