Później pełnił funkcję szefa Szkolenia Marynarki Wojennej – zastępcy dowódcy Marynarki WojennejJako szef Szkolenia Marynarki Wojennej był jednocześnie dowódcą Garnizonu Gdynia.. W 1999 roku w stopniu wiceadmirała przeniesiono go do Sztabu Generalnego Wojska Polskiego na szefa Generalnego Zarządu Logistyki P4.
25 września 2003 roku z rąk prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego odebrał awans na stopień wojskowy admirała floty. 1 października 2003 roku zastąpił adm. floty Ryszarda Łukasika na stanowisku dowódcy Marynarki Wojennej. 3 października 2006 roku prezydent Lech Kaczyński powierzył mu dalsze pełnienie obowiązków w kadencji 2006-2009. 10 lipca 2007 roku adm. floty Roman Krzyżelewski złożył prośbę o zwolnienie z zawodowej służby wojskowej. Swoją decyzję uzasadnił brakiem wpływu na obsadę kierowniczych stanowisk w Dowództwie Marynarki Wojennej. Został odwołany z dniem 11 listopada 2007 roku.
Awanse 45x45px podporucznik marynarki – 1971 45x45px porucznik marynarki – 1974 45x45px kapitan marynarki – 1977 45x45px komandor podporucznik – 1981 45x45px komandor porucznik – 1984 45x45px komandor – 1988 45x45px kontradmirał – 1992 45x45px wiceadmirał – 1999 45x45px admirał floty – 2003