Sędzia nie podlega wyłączeniu, jeżeli MTS rozpatruje spór z udziałem państwa jego obywatelstwa. Jeżeli państwo toczące spór przed MTS nie ma swego obywatela w składzie sądu, może wyznaczyć sędziego ad hoc, który może (choć nie musi) być jego obywatelem. Jeżeli żadna ze stron w sporze nie ma swego obywatela w składzie, każda może wyznaczyć sędziego ad hoc. Nominaci muszą spełniać warunki wymagane przez Statut. Biorą oni udział w wyrokowaniu na równi ze stałymi członkami Trybunału (art. 31)
Sędzia zostaje wyłączony ze sprawy, w której poprzednio występował w imieniu jednej ze stron w charakterze agenta, doradcy lub adwokata, albo był członkiem sądu narodowego lub międzynarodowego, albo komisji badań, albo w jakim bądź innym charakterze (art. 17). Sędzia może też zostać wyłączony na własne życzenie lub z pewnych szczególnych względów uchwałą Trybunału na wniosek prezesa (art. 24). Sędzia może zostać pozbawiony mandatu, jeśli pozostali członkowie jednomyślnie dojdą do przekonania, że przestał on czynić zadość wymaganym warunkom. Oznacza to opróżnienie miejsca, o czym powiadamiany jest Sekretarz generalny Organizacji Narodów Zjednoczonych (art. 18).