W drużynie walczącej o miejsce na Euro 2008 Kisziszew pełnił najczęściej funkcje defensywnego pomocnika. Po zakończeniu eliminacji nowy selekcjoner Płamen Markow postanowił zrezygnować z jego usług.
W ostatnim meczu w kadrze, z Albanią (1:1) w kwalifikacjach do mistrzostw Europy, strzelił bramkę samobójczą.
Jednak po raz kolejny Kisziszew w swoich deklaracjach o rezygnacji z występów w drużynie narodowej pozostał niekonsekwentny. Po zmianie selekcjonera, kiedy Markowa (któremu odmówił wyjazd na Euro 2004, i który następnie sam z niego zrezygnował) zastąpił trener Liteksu Stanimir Stoiłow, raz jeszcze powrócił do reprezentacji na spotkania eliminacji do Mundialu 2010 z Irlandią (1:1) i Cyprem (2:0).
W tym okresie strzelił także jedyną w swojej karierze bramkę dla reprezentacji: w wygranym 4:1 meczu z Czarnogórą w ramach kwalifikacji do mistrzostw (jesień 2009).
Sukcesy piłkarskie IV miejsce w lidze 1996, wicemistrzostwo Bułgarii 1997 oraz Puchar Ligi Bułgarskiej 1997 z Neftochimikiem Burgas mistrzostwo Bułgarii 1998, 1999 i 2010 oraz Puchar Bułgarii 2009 oraz finał Pucharu Bułgarii 1999 z Liteksem Łowecz