W odpowiedzi rząd apartheidu skonfiskował ładunki broni przeznaczone dla armii Lesotho, zagroził sankcjami oraz wstrzymał pomoc gospodarczą. Relacje chwilowo ociepliły się w 1984 roku gdy kraj opuściły grupy bojowników ANC. W 1986 roku RPA wprowadziła blokadę gospodarczą Lesotho.
Sankcje nałożone przez RPA skłoniły wojsko do przeprowadzenia w 1986 roku zamachu stanu. Pucz przeprowadził sprzyjający RPA, generał Justin Metsing Lekhanya. Generał przywrócił władzę królowi Moshoeshoe II i rozpoczął rządy junty militarnej. Reżim zabronił otwartej działalności politycznej, deportował uchodźców południowoafrykańskich, w zamian za co RPA zniosła blokadę. Lesotho zacieśniło współpracę polityczną i gospodarczą z RPA. Napięcie wewnętrzne wzrastało, junta zamieszana była w szereg zabójstw. Także gospodarka słabła co związane było z pogłębiającym się kryzysem gospodarczym w RPA. W 1990 roku narasta spór w grupie rządzącej. Wówczas król zostaje obalony po raz kolejny i udaje się na emigrację. Nowym królem zostaje jego syn Mohato, przyjmując imię Letsie III. Nowy monarcha nie ma władzy politycznej. Rok później generał Lekhanya zostaje zmuszony do ustąpienia, władzę obejmuje pułkownik Elias Ramaem. Nowy rząd rozpoczął proces demokratyzacji, zniósł zakaz działalności politycznej, obiecał uchwalenie konstytucji i przeprowadzenie wolnych wyborów.