Wojska tanzańskie weszły do Ugandy, zajęły Kampalę i obaliły reżim Amina, który ratował się ucieczką z kraju. W wyniku wyborów w 1980 urząd ponownie objął Milton Obote. Jego rządom przypisuje się ok. 100 000 ofiar śmiertelnych.
Wkrótce w kraju wybuchła wojna domowa wywołana konfliktami plemiennymi, rywalizacją między partiami i represjami wobec przeciwników politycznych. W 1985 roku Obote został obalony w puczu, a prezydentem został Tito Okello. W 1986 roku odbył się kolejny pucz, w wyniku którego rządy objął Yoweri Museveni. Doprowadził on do względnej stabilności politycznej i gospodarczej kraju. W latach 1986–1991 nasiliła się walka pomiędzy rządem a partyzantami popierającymi Okello, Amina i Obote. Walki zakończyły się sukcesem rządu, a w 1994 roku największe zgrupowania partyzanckie wycofały się z konfliktu na mocy amnestii. W połowie lat 80. utworzona ponadto została partyzancka Armia Bożego Oporu prowadząca od 1987 roku antyrządową rebelię. Walki ze sfanatyzowanymi partyzantami trwają do dziś. Oddziały Armii Bożego Oporu wymordowały około 100 tysięcy mieszkańców Ugandy. W ostatnich latach postępuje stabilizacja kraju oraz liberalizacja polityczno-gospodarcza. W 1996 w pierwszych, od uzyskania niepodległości, wyborach prezydenckich wygrał urzędujący Yoweri Museveni.