W zapadliskowej strefie znajdują się liczne jeziora (na północy największe jest Jezioro Rudolfa, na zachodzie zaś Jezioro Wiktorii).
Klimat Kenia znajduje się w zasięgu klimatu równikowego monsunowego ze stosunkowo wyrównanym przebiegiem temperatur w ciągu całego roku. Na wybrzeżu, w pasie do 40 km i w górach – wilgotny, na pozostałym obszarze – suchy. Średnia roczna suma opadów wzrasta z północnego wschodu na południowy zachód od 150 do 1000 mm, w południowej części wybrzeża wielkość opadów sięga 1200 mm rocznie, w wyższych piętrach gór nawet do 1500 mm. Na nizinnym wschodzie występuje tylko jedna pora deszczowa, od kwietnia do czerwca, na pozostałym obszarze dwie pory deszczowe, głównie od marca do maja. Druga pora deszczowa jest krótsza, występuje od listopada do grudnia. Średnia temperatura miesięczna od 25–28 °C na wybrzeżu do 15–19 °C w górach (w wyższych piętrach chłodniej).
Tabela średnich rocznych temperatur dla kenijskich miast:MiastoLokalizacjaWysokość(metry)Temp. maks.(°C)Temp. min.(°C) Mombasa wybrzeże nad oceanem 17 30,3 22,4 Nairobi płaskowyż w centrum 1661 25,2 13,6 Eldoret płaskowyż na zachodzie 3085 23,6 9,6 Lodwar suche północne równiny 506 34,8 23,7