Po wyborach z 28 marca 2006 dostał się do siedemnastego Knesetu, a Kadima wygrała wybory. Ugrupowanie Olmerta pragnęło zachować dla siebie takie resorty jak finansów czy skarbu, tak więc miejsce Mofaza zajął Amir Perec z Partii Pracy, wchodzącej w skład koalicji rządowej. W zamian za to Mofaz otrzymał tekę ministra transportu i stanowiska wicepremiera.
30 lipca 2008 premier Olmert zakomunikował, że nie będzie się ubiegał o kolejną kadencję na stanowisku przewodniczącego partii. Swoje kandydatury w wewnątrzpartyjnych wyborach, zgłosili za to: Cippi Liwni, Sza’ul Mofaz, Awi Dichter i Me’ir Szitrit. 17 września 2008 nową przewodniczącą partii została wybrana Liwni, która otrzymała 43,1 proc. głosów. Drugi był Mofaz, który zapewnił sobie 42 proc. głosów. W wewnątrzpatyjnych wyborach wzięło udział 55 proc. członków partii, a Liwni zwyciężyła przewagą tylko 431 głosów (1,1 proc.). Po tej porażce Mofaz oświadczył, że wycofuje się z polityki.