Struktura organizacyjna Struktura regionalna Spółka ma 15 zakładów: Zakład Dolnośląski we Wrocławiu Zakład Kujawsko-Pomorski w Bydgoszczy Zakład Lubelski w Lublinie Zakład Lubuski w Zielonej Górze Zakład Łódzki w Łodzi Zakład Małopolski w Krakowie Zakład Opolski w Opolu Zakład Podkarpacki w Rzeszowie Zakład Podlaski w Białymstoku Zakład Pomorski w Gdyni Zakład Świętokrzyski w Kielcach Zakład Warmińsko-Mazurski w Olsztynie Zakład Wielkopolski w Poznaniu Zakład Zachodniopomorski w Szczecinie Zakład Napraw Taboru z siedzibą w Kruszewcu
Spółka Przewozy Regionalne do stycznia 2008 była współwłaścicielem Kolei Mazowieckich Sp. z o.o. w Warszawie.
We wrześniu 2008 część majątku spółki (taboru i obiektów) oraz część pracowników wydzielono, tworząc Oddział Przewozów Międzywojewódzkich w Poznaniu, który 1 grudnia 2008 został przekazany przez ówczesnego właściciela (PKP S.A.) do istniejącej spółki PKP Intercity.