W latach 1993–1994 do armii rosyjskiej wprowadzono nową odmianę BTR-80 oznaczoną BTR-80A, w którym m.in. zastosowano turbodoładowany silnik JaMZ-238M2 o zapłonie samoczynnym i nową, jednoosobową, stalową wieżę. Na jej stropie zamontowano 30 mm armatę automatyczną 2A72, sprzężoną z 7,62 mm karabinem maszynowym PKT, a po obu stronach armaty – po trzy wyrzutnie granatów dymnych. Armata nie jest stabilizowana. Zasilanie działa odbywa się z dwóch taśm (o pojemności 300 nabojów), przy czym w jednej znajdują się naboje przeciwpancerne, a w drugiej – odłamkowo-burzące. Mechanizm naprowadzania armaty – elektryczny. Konstrukcja wieży umożliwia naprowadzanie armaty w płaszczyźnie pionowej do 70°.
Wersje thumb|BTR-80A BTR-80 – transporter opancerzony. Wersja podstawowa. BTR-80K – wóz dowodzenia batalionu. Zewnętrznie jest identyczny z wozami liniowymi. Dodatkowe wyposażenie obejmuje dwie radiostacje R-173, dwie radiostacje przenośne R-159, układ nawigacji inercyjnej TNA-4, układ IFF, peryskopową busolę artyleryjską PAB-2M oraz dodatkowy przyrząd obserwacyjny TNP-165A. BTR-80-K1Sz1 – podwozie bazowe, na którym montowane może być różnorodne wyposażenie elektroniczne (radiostacje, radioprzekaźniki);