W 1551 r. du Bellay został opiekunem małoletniego bratanka, co uwikłało go w długoletnie procesy spadkowe; ujawniły się też problemy zdrowotne, które miały doprowadzić do jego przedwczesnej śmierci. W latach 1553–1557 przebywał w Rzymie jako sekretarz kardynała Jeana du Bellay - kuzyna swojego ojca i sławnego dyplomaty. Po początkowym entuzjazmie, spowodowanym pobytem w starożytnym mieście, poeta mocno się nim rozczarował i zawiódł. Wyraz tym uczuciom dał w zbiorze 191 sonetów, zatytułowanych Żale (Les Regrets). Ich opublikowanie po powrocie do Paryża poróżniło poetę z kardynałem du Bellay, którego gniewały szczególnie sonety opisujące nieobyczajne postępowanie papieży Juliusza III i Pawła IV i członków kurii rzymskiej.
Joachim du Bellay został pochowany w katedrze Notre-Dame w Paryżu, ale jego nagrobek nie zachował się do dziś.
Podczas prac restauratorskich prowadzonych po pożarze katedry w 2019, odkryto pod podłogą transeptu antropomorficzny sakofag z ołowiu. Doglębne badania pozwoliły wysunąć hipotezę, że zawiera on zabalsamowane szczątki poety Plejady, zmarłego na gruźlicze zapalenie opon mózgowych.