W wyniku III rozbioru Pułtusk znalazł się pod zaborem pruskim. Wówczas dokonano sekularyzacji, ale choć miasto przestało być własnością biskupów płockich, to sam zamek nadal pozostał w ich rękach. Rezydencja mocno jednak ucierpiała w czasie wojen napoleońskich. 26 grudnia 1806 roku pod Pułtuskiem wojska francuskie stoczyły krwawą bitwę z Rosjanami.
30-tysięczny francuski V Korpus pod dowództwem marszałka Jean Lannesa i dywizja Gudina z III korpusu marszałka Louisa Davouta próbowały zdobyć most na Narwi i zająć miasto. Niespodziewanie zostały zaatakowane na zachód od Pułtuska przez wyposażoną w 120 armat, 45-tysięczną armię rosyjską pod dowództwem generała Levina Augusta von Bennigsena. Niezwykle krwawa bitwa pozostała nierozstrzygnięta, ponieważ Rosjanie wytrwali na swoich pozycjach i zniszczyli most. Walki toczyły się w straszliwych warunkach atmosferycznych, podczas burzy śnieżnej połączonej z opadami deszczu. Nastały akurat roztopy i teren po prostu tonął w błocie. Obie strony poniosły bardzo duże straty. Francuzi stracili do 1500 do 7000 zabitych, rannych i wziętych do niewoli, Rosjanie od 3500 do 5000. Bitwa ta została upamiętniona na Łuku Triumfalnym w Paryżu. Po bitwie do Pułtuska przybył cesarz Napoleon I Bonaparte.