5 sierpnia 1944 wieża została uszkodzona podczas szturmu na Gęsiówkę wystrzałem ze zdobycznej pantery przez żołnierzy Batalionu „Zośka”. Po powstaniu Niemcy podpalili dach świątyni: spłonęły sygnaturka oraz wszystkie drzwi zewnętrzne, znacznemu uszkodzeniu uległy 30-głosowe organy, ucierpiały kamienne elementy elewacji. Ogień zajął plebanię i dom parafialny. Niemcy mieli też w planie wysadzenie kościoła, czego jednak nie zrealizowali.
Po wojnie był najwyższą i jedną z niewielu budowli pozostałych na terenie byłego getta. Już w 1947 dzięki funduszom przyznanym na cele renowacyjne przez Radę Prymasowską Odbudowy Kościołów Warszawy, obiekt oddano do użytku wiernym, nadal prowadząc prace remontowe. W 1953 otynkowano sklepienia naw bocznych i odnowiono sygnaturkę. Teren dziedzińca przykościelnego zmniejszono na rzecz powstających wokół osiedli mieszkaniowych.